Một khoản chi được ghi nhận trên sổ kế toán chưa đồng nghĩa với việc chắc chắn được chấp nhận khi xác định thu nhập chịu thuế. Kế toán cần kiểm tra đồng thời bản chất kinh tế, mối liên hệ với hoạt động của doanh nghiệp và bộ hồ sơ chứng minh giao dịch.
Lớp kiểm tra thứ nhất trả lời câu hỏi giao dịch có thực hay không. Lớp thứ hai xác định khoản chi có phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh hay không. Lớp thứ ba kiểm tra hóa đơn, hợp đồng, nghiệm thu, thanh toán và các điều kiện riêng của từng nhóm chi phí theo quy định hiện hành.
Nếu chỉ kiểm tra hóa đơn mà bỏ qua bản chất giao dịch, doanh nghiệp dễ gặp rủi ro với các khoản mua dịch vụ không có sản phẩm bàn giao, chi phí tiếp thị thiếu kế hoạch hoặc chi phí nhân sự không có căn cứ về thời gian và kết quả công việc.
