Kê khai thuế giá trị gia tăng không bắt đầu từ thao tác nhập số liệu vào phần mềm. Công việc quan trọng nhất là tập hợp đủ chứng từ và kiểm tra tính nhất quán giữa hóa đơn điện tử, sổ kế toán, hợp đồng, biên bản giao nhận và dòng tiền thực tế. Nếu dữ liệu đầu vào chưa sạch, tờ khai dù nộp đúng hạn vẫn có thể phát sinh chênh lệch khi đối chiếu.
Doanh nghiệp nên khóa dữ liệu theo từng kỳ, phân công một người tổng hợp hóa đơn bán ra và một người rà soát hóa đơn mua vào. Các hóa đơn điều chỉnh, thay thế, hủy hoặc phát sinh khác kỳ cần được đánh dấu riêng. Việc tách nhóm ngay từ đầu giúp kế toán xác định đúng thời điểm kê khai và tránh ghi nhận trùng.
Trước khi lập tờ khai, kế toán cũng cần xác định phương pháp tính thuế, kỳ khai thuế và tình trạng hoạt động của doanh nghiệp theo hồ sơ quản lý thuế hiện tại. Khi có thay đổi về mô hình kinh doanh, địa điểm, ngành nghề hoặc đơn vị phụ thuộc, nên rà soát lại nghĩa vụ kê khai thay vì sử dụng máy móc cấu hình của kỳ trước.